万国觉醒的副本系统根据玩家发展阶段分为早、中、晚三期，每期副本设计各有侧重。早期副本以资源获取和基础战力培养为主，中期开始引入团队协作和策略性玩法，后期则更强调大规模联盟作战和高端PVP内容。这种渐进式设计帮助玩家平滑过渡不同成长阶段，同时保持游戏体验的新鲜感。
早期副本如野蛮人城寨和洛哈的试炼主要提供经验书、加速道具等基础资源，副本难度较低且可单人完成。这类副本通常消耗体力值进行挑战，通过洞悉天赋可减少体力消耗，而举一反三天赋则能增加经验获取效率。早期副本的另一个特点是产出稳定的资源包，对新手发育至关重要。
中期副本以远征和日落峡谷为代表，开始要求玩家组建多支队伍并搭配不同统帅。远征副本是获取金色统帅埃塞尔佛莱德的主要途径，需要合理配置肉盾、输出和辅助队伍。日落峡谷作为PVP向副本，采用赛季积分制，仅生效统帅自身属性，考验玩家对兵种克制和阵容搭配的理解。这个阶段的副本奖励开始转向稀有统帅雕像和高级装备材料。
后期副本包括失落之地和各类赛季剧本，完全以联盟为单位展开。这类副本地图规模宏大，包含资源争夺、要塞攻防、神庙争夺等多元玩法，持续时间可达数周。时移势易等新剧本还引入了动态地形和特殊规则，要求联盟成员具备高度协调性和战略规划能力。后期副本产出顶级装备材料和稀有称号，是检验联盟整体实力的试金石。
各期副本的难度曲线和奖励机制经过精心设计，早期副本每日可重复完成，中后期副本则设有冷却时间或赛季周期。部分副本如远征会贯穿整个游戏周期，但不同阶段挑战的关卡和策略要求存在明显差异。玩家应根据当前战力选择适合的副本重心，同时关注游戏更新带来的新副本内容和机制调整。
