山洞是位于农场北侧的一处重要地点，玩家需要累计赚取25000金后才会触发相关剧情。当德米特里厄斯来访并提出研究请求时，玩家需在果蝠（生成水果）和蘑菇（每日采集）之间做出选择，该选择不可逆且直接影响后续资源获取方式。山洞的入口位置固定，但内部功能会根据玩家选择产生差异，这是游戏前期资源规划的关键节点之一。
关于山洞的具体功能，选择蘑菇洞会生成6个蘑菇盒子，每日可收获一次但无法保留至次日，适合需要稳定获取蘑菇资源的玩家，尤其是用于社区中心任务或制作生命药水。而选择果蝠洞则可能不定期生成多种水果，虽然产量不固定但可长期储存，对完成工匠收集包或送礼有较大帮助。两种选择各有优劣，需结合玩家当前发展阶段和长期目标决定。
山洞的解锁时间通常为游戏第一年秋季前后，具体取决于玩家的资金积累速度。1.6版本更新后，蘑菇的生长机制调整为两天一获，而水果的生成概率未受影响。若玩家已选择蘑菇洞但后期需要水果，可通过温室种植果树弥补，但需额外投入时间和资金成本。
对于进阶玩家而言，游戏还存在另一个名为精通山洞的特殊区域，位于煤矿森林，需要五项技能全部达到10级才能解锁。该山洞内有五根代表不同精通能力的柱子，每达成一项精通即可获得对应能力提升，属于游戏后期的核心挑战内容。与农场山洞不同，精通山洞更侧重技能检验而非资源产出。
游戏中的矿洞系统与山洞属于不同机制，位于地图东北部木匠商店附近的桥对岸，共120层且每10层为独立主题区域。而头骨山洞作为沙漠区域的进阶矿洞，需先修复巴士并获取头骨钥匙才能进入，其层数无限且无电梯保存功能，是获取铱矿石的主要场所。这些洞穴系统与农场山洞在功能定位和探索方式上存在本质区别。
